Ngày 26 tháng 10 năm 2018, ông tuyên bố ra khỏi Đảng Cộng sản Việt Nam[5] nhân sự kiện Phó giáo sư, Tiến sĩ Chu Hảo bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng đề nghị kỷ luật.[6] Trong tuyên bố, nhà văn Nguyên Ngọc cho biết đã định ra khỏi Đảng từ lâu, nhưng không có ý định gây ồn ào. Nay sau việc Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng kỷ luật Phó giáo sư. Tiến sĩ Chu Hảo, ông muốn tỏ rõ thái độ đối với thông báo của Đảng.[7]